吉林省监狱管理局设17个内设机构，另设机关党委，分别为：

一、办公室

负责政务活动的组织协调及督察工作；负责重要文件的起草和其他文字综合工作；管理机关文电、档案、印信；负责全省监狱信息化建设；负责信访工作。

办公室（指挥中心）加挂法制处牌子，负责局机关行政复议、行政诉讼和国家赔偿工作；负责指导全省监狱系统法制工作；负责局机关规范性文件的起草、审核和整理编纂工作；负责政务公开工作。

二、狱政管理处

负责全省监狱的监管安全工作和狱政管理；指导对罪犯的分押分管、规范化管理工作；负责罪犯收监、释放、押解、调遣工作；指导对罪犯的考核、奖惩工作；负责文明监狱的规划和创建工作；指导监狱的武装警械工作；协调全省监狱系统与有关公安机关的工作事宜。

三、教育改造处

负责全省监狱罪犯的教育改造工作；指导监狱对罪犯进行政治、文化和技术教育。

四、生活卫生处

负责管理全省各监狱罪犯生活供应和卫生防疫工作；负责罪犯的被服管理；监督监狱生活卫生费用的使用。

五、刑罚执行处

监督和指导全省监狱刑罚执行工作；监督罪犯的减刑、假释、保外就医工作；对基层监狱刑罚执行部门受理的狱政管理部门呈报的罪犯加刑、减刑、假释等刑罚执法工作进行指导监督；负责推进狱务公开工作。

六、狱内侦查处

负责全省监狱系统的狱内侦查工作，指导并参与监狱政治案件和重大刑事案件的侦破；指导全省监狱系统的场（区）治安管理、综合治理工作。加挂扫黑除恶办公室牌子，承担监狱系统扫黑除恶有关工作职责。

七、罪犯劳动管理处

贯彻落实罪犯劳动改造的相关法律和政策规定，指导全省监狱的罪犯劳动改造工作和劳动保护工作，协调监狱与监狱企业关于罪犯劳动改造中的有关问题。

八、计划财务处

负责省直监狱综合计划、综合统计，制定财务计划；负责财务预决算；负责省直监狱资金落实工作；负责狱政设施的立项、投资和管理；负责划拨和分配监狱单位的业务费、事业费。

九、审计处

负责省直监狱和单位财务审计工作；监督管理省直监狱系统国有资产。

十、安全监督管理处

贯彻执行国家有关安全生产的方针政策和法律法规；组织开展安全生产专项活动和教育培训，对本系统安全生产工作进行监督、检查和指导；排查、整改事故隐患；会同有关部门组织协调本系统安全事故调查处理、结案和应急救援工作。

十一、干部处

按照干部管理权限，协助局党组管理和任免局机关副处长、副调研员以及省直监狱单位副职领导干部、副调研员；协助局党组向司法厅党组推荐局机关正处长、调研员和省直监狱单位正职领导干部、调研员的人选；负责省直监狱系统民警的调动、录用；管理干部工资、警衔及干部监督管理。

十二、宣传教育处

负责省直监狱系统民警教育培训和宣传工作。

十三、老干部处

负责机关离退休干部管理服务工作，管理和指导省直监狱系统离退休干部工作。

十四、警务督察处

负责全省各监狱的警务督察工作；根据省司法厅的要求和监狱系统实际，研究拟定监狱系统警务督察工作实施细则；对全省各监狱及其人民警察依法履行职责、行使职权和遵守纪律的情况进行督察；办理上级警务督察机构交办的警务督察事项。

十五、巡察办

贯彻落实省委巡察工作决策部署，承担省委巡视工作办公室交办的工作任务，接受业务指导；向省委巡视工作办公室和省监狱管理局党组报告工作情况；承担监狱系统巡察工作的组织协调、政策研究和制度建设等工作，制定巡察工作规划和年度工作计划，对巡察整改工作进行督促检查；对巡察工作人员进行管理和监督；落实办理省监狱管理局党组和巡察领导工作小组决定事项及交办的其他事项。

十六、奖惩处。

负责全省监狱系统考评、奖励、惩戒等工作的组织实施；拟订全省监狱系统奖励表彰办法，指导和协调监狱奖励表彰工作；组织实施对全省监狱的绩效考评工作。

十七、党风廉政办公室。

经局党组授权，负责监督检查监狱系统落实局党组关于党风廉政建设安排部署、压实两个责任、开展相关工作情况；受理对监狱系统党组织和党员的检举、控告，受理党的组织和党员的申诉，对上级纪检机关转办和局党组收到的信访举报件进行研判处置，办理局党组立案审查的系统内违纪案件；综合分析全系统党风廉政建设工作情况，及时统计上报数据信息；研究加强监狱纪检干部队伍建设工作，组织开展业务培训。经省纪委监委驻省司法厅纪检监察组授权，可参与或单独办理监狱系统违纪违法案件，承担对基层监狱纪委进行业务指导、审核审理监狱纪委办理案件等职责。

另设机关党委。负责机关及直属单位的党群工作。